Tarprūšinė sąveika, kurios metu abiems organizmams yra naudinga, tačiau ši sąveika nėra būtina jų išgyvenimui. Kitaip tariant, organizmai bendradarbiauja, nes tai jiems duoda tam tikrų pranašumų, bet jie galėtų išgyventi ir atskirai?

Protokooperacija yra bene labiausiai paplitusi tarprūšinė sąveika gamtoje. Ji padeda organizmams pagerinti savo padėtį, tačiau nėra būtina jų išgyvenimui. Dažnai tokia sąveika pasireiškia tarp skirtingų rūšių augalų ar gyvūnų, kurie sąveikauja ir gauna savitarpio naudos. Vienas įdomių protokooperacijos pavyzdžių yra medžių ir grybų sąveika. Medžių šaknys sąveikauja su grybo pirminiu sluoksniu, kuris padeda medžiams geriau įsisavinti maistines medžiagas iš dirvožemio. Taip pat grybai saugo medžių šaknis nuo ligų ir kenkėjų. Tuo tarpu medžiai aprūpina grybus maisto medžiagomis, gaunamomis per fotosintezę. Ši sąveika nėra būtina nei medžiams, nei grybams, tačiau ji abiem suteikia akivaizdžių pranašumų.